Le syndicat a, entre autres, pour mission de répondre aux enjeux de gestion, de valorisation et de préservation de la biodiversité des milieux aquatiques, en y intégrant les usages locaux et le contexte local.

Depuis 2014, le syndicat suit un programme pluriannuel de gestion de la Vézère et de ses affluents. Ce dernier a été créé grâce à un diagnostic des cours d’eau en 2011 et 2012. Le programme qui s’étend jusqu’en 2018 a pour objectif de garantir le bon fonctionnement écologique et hydrologique des cours d’eau tout en préservant et en valorisant les milieux aquatiques et leurs milieux associés.